Odznaczony honorowymi tytułami kanonika i prałata (1901) awansował też w hierarchii naukowej. Jako doktor prawa kanonicznego został powołany w skład Sądu Duchownego i na asesora Konsystorza Warszawskiego (taką nazwę nosiła wtedy oficjalnie Kuria Metropolitalna). W Sądzie posiadał tytuł „obrońcy węzła małżeńskiego”. W roku 1898 został mianowany rektorem warszawskiego seminarium duchownego, dodatkowo pełniąc obowiązki rektora kościoła św. Józefa Oblubieńca. W swoim życiorysie napisał „obowiązki te pełniłem w okresie dwunastu lat w najsmutniejszym czasie poprzedzającym okres anarchii 1905 r.” W 1910 r., po obronie swojej drugiej pracy doktorskiej z teologii w katolickiej Akademii Duchownej w Petersburgu, otrzymał nominację na rektora tej jedynej uczelni katolickiej na obszarze cesarstwa rosyjskiego. Akademia ta stanowiła jednocześnie intelektualne centrum życia katolickiego.