Przasnysz uzyskał prawa miejskie w roku 1427 i prawdopodobnie istniał tu kościół pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, fundacji księcia Janusza, konsekrowany przez sufragana płockiego Mariana w 1408. Kościół spłonął w 1470 roku. Na mapie Sieci parafialnej Diecezji Płockiej XI – XVI / Kazimierz Pacuski parafię datuje się na okres po 1401 roku:
Obecny murowany, gotycki, orientowany kościół zbudowany w latach 1474-1485 przez ówczesnego proboszcza przasnyskiego Michała Bończa Bonieckiego posiadał kaplice Najświętszej Marii Panny, św. Bartłomieja, Cecylii i Barbary. Kilkakrotne pożary niszczyły farę przasnyską.Po pożarze w 1645 r., odbudowana przez ks. Balcera Nałęcza w 1657 r., konsekrowana w 1670 r., ponownie była zniszczona przez pożar w 1792 r. Generalny remont świątyni przeprowadzono w latach 1877-1878 i 1890 za czasów ks. Stanisława Czaplińskiego.Zlikwidowano wówczas osiem filarów, przebudowano skarbiec i zakrystię, symetryczne dwuprzęsłowe kaplice (jedna z nich to grobowa kaplica rodziny Kostków).